779
Huber Lewkowicz 15.05.2015

Bioinformatyczny oręż w walce z rakiem powstał w Warszawie

Bioinformatyczny oręż w walce z rakiem powstał w Warszawie

Naukowcy dostali do ręki sprawne narzędzie do badań nad genami odpowiedzialnymi za powstawanie nowotworów, a lekarze – wsparcie w leczeniu tych schorzeń. Taki jest sens projektu Bioinformatyczny System Ekspercki w Onkologii, realizowanego przez firmę Transition Technologies z Warszawy.

Bioinformatyczny System Ekspercki w Onkologii  to odpowiedź na potrzebę zauważoną przez naukowców z Centrum Onkologii w Warszawie oraz inżynierów z Transition Technologies (TT). Można go podzielić na dwie zasadnicze części. Pierwsza dotyczyła mikromacierzy DNA.

– To technika w biologii molekularnej, która pozwala zbadać jednocześnie wiele różnych genów ulegających ekspresji. Zdarza się, że większość pobranej próbki to tkanka okalająca guz i zamiast badać sam guz badamy tę tkankę. Może to się skończyć tym, że szukając genów, które biorą udział w procesie chorobowym,  znajdujemy inne, które nie biorą w nim udziału. Nie było dotąd żadnej metody, która pozwalałaby w skomputeryzowanych wynikach eksperymentów pokazujących poziomy ekspresji genów sprawdzić, czy taka sytuacja ma miejsce – mówi Piotr Stępniak, bioinformatyk z TT, analityk projektu.

W porozumieniu z lekarzami z Centrum Onkologii w Warszawie inżynierowie z Transition Technologies wymyślili algorytm, który pozwala zidentyfikować domieszkę innej tkanki w próbce nowotworowej, np. tkanki tłuszczowej czy mięśnia gładkiego.

– Test można łatwo wykonać, bo firma rozwinęła go do gotowego, oprogramowania, które można pobrać za darmo z naszej strony http://www.mi.tt.com.pl . Badacz, który wykorzysta nasz program może wykluczyć takie próbki z analizy lub przynajmniej wiedzieć, w jaki sposób mogą one skrzywić wynik całego eksperymentu – tłumaczy Piotr Stępniak.

Dla lekarzy w szpitalu

Druga część polegała na przygotowaniu systemu opartego o wiedzę i analizę danych, który mógłby podpowiedzieć lekarzowi, czy pacjent, który ma przejść konkretną procedurę, jest zagrożony skutkami ubocznymi.

– Oczywiście, lekarze zawsze rozważają takie rzeczy stosując swoje metody, ale my chcieliśmy analizując dane w szpitalnej bazie wykryć, który z pacjentów może mieć powikłania – mówi Stępniak.

Badania skupiły się na kobietach, które miały przejść mastektomię. Choć postępowanie medyczne określa średnią liczbę dni, które pacjentka spędza w szpitalu, część pacjentek była hospitalizowana dużo dłużej, co było związane właśnie z powikłaniami.

Jak mówi Piotr Stępniak, to co zrobili w TT, to próba klasyfikacji, czy dana pacjentka spędzi w szpitalu więcej dni, niż powinna, jeśli weźmie się pod uwagę dostępne dane medyczne tuż przed zabiegiem.

– Okazało się, że jesteśmy w stanie przy pomocy kilku parametrów medycznych wybrać do 28 procent pacjentek, które były realnie zagrożone powikłaniami. Co istotne, nie było żadnych fałszywie pozytywnych wyników. Jeżeli system wskazał pacjentkę, to faktycznie okazywało się, że była to pacjentka, która spędzała w szpitalu dużo więcej czasu, niż powinna – wyjaśnia. To narzędzie zostało doprowadzone do formy prototypu i bardzo się lekarzom spodobało. Teraz prototyp jest gotowy do rozwinięcia do postaci produktu – podkreśla Piotr Stępniak.

W stronę medycyny

Dobry efekt nie oznacza, że po drodze do jego osiągniecia nie było trudności. – Dane, które wykorzystaliśmy w projekcie były dość problematycznej jakości ze względu na to, że były digitalizowane przez osoby związane z administracją, a nie procesem leczenia. Było w nich dużo omyłek i danych, które trzeba było wykluczyć. System może więc dać dużo lepsze wyniki – podkreśla bioinformatyk z Transition Technologies. Narzędzie firmy TT może być dużym wsparciem dla lekarzy.

- Jest taka sfera, zazwyczaj nazywamy ją intuicją doświadczonego lekarza, który patrząc na pacjenta, jego wyniki badań i historię choroby, twierdzi, że nie nadaje się on jeszcze na operację, choć nie potrafi jednoznacznie powiedzieć dlaczego. System informatyczny oparty o sztuczną inteligencję potrafi w taki sposób przeanalizować dane, by podać informację, czy pacjent ten nie jest zagrożony komplikacjami - mówi Piotr Stępniak.

Wartość projektu Bioinformatyczny System Ekspercki w Onkologii to prawie milion złotych, z czego blisko 550 tys. to dofinasowanie unijne w ramach Programu Innowacyjna Gospodarka.

Szybka ścieżka do wynalazków

4 maja rozpoczął się nabór na  tzw. szybką ścieżkę, czyli poddziałanie 1.1.1 programu Inteligentny Rozwój. To następca działania, z którego  firma Transition Technologies sfinansowała swój system bioinformatyczny dla onkologii. Tym razem do rozdysponowanie między małych i średnich przedsiębiorców jest 1,6 mld zł.

Za szybką ścieżkę odpowiada Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Wnioski o dofinansowanie można składać do końca grudnia. A skąd nazwa "szybka ścieżka" ? Ponieważ firmy mają otrzymać decyzję o przyznaniu (lub nie) finansowania w ciągu około 60 dni od złożenia wniosku.

779 Co sądzisz? Zajrzyj do komentarzy

Komentarze779

Popularne Najnowsze

Prawda 16 maja 2015 10:41:26
128 14
monsanto winne wszystkiemu
co jesz tym jesteś
firma umoczona w takich wałach, umoczona w takich aferach... działająca na zlecenie elit, kontrolująca 80-90 % rynku, prowadzi nas do zguby, jeden cel ich działalności to wytępić ludzkość
Pokaż cały komentarz
Zbyszek Kr. 16 maja 2015 15:31:09
18 1
Zgadza sie. Ich celem jest wprowadzenie światowego obozu koncentracyjnego,po wymordowaniu miliardów ludzi.
Pokaż cały komentarz
Gość 19 maja 2015 21:48:11
12 1
Ich celem jest by ocalali byli od nich zależni!
Pokaż cały komentarz
Gość 21 maja 2015 17:04:38
1 9
Pokaż cały komentarz
Ukryty ze względu na zbyt dużą ilość negatywnych ocen. Pokaż
prawdagora 29 maja 2015 23:22:05
3 1
prawda , czytaj Nowy Porzadek Swiata na youtube
Pokaż cały komentarz
gengryszwujem 19 maja 2015 22:28:48
122 13
Oni już dawno mają lekarstwo na raka, tylko po co to dawać, nie kończąca się emerytura?
Pokaż cały komentarz
antyXionc 20 maja 2015 13:42:14
13 10
Oni? Tzn. kto? Bo na pewno nie bogaci. Pamietam, ze Steve Jobs umarl na raka trzustki... A przeciez moglby ciebie kupic razem z cala twoja rodzina do 10. pokolenia wstecz. I jeszcze by mu kasa zostala.
Pokaż cały komentarz
jasio 17 lipca 2015 17:31:09
12 0
Steve jobs to mały kazio przy kartelach finansowych i zysków ze sprzedaży leków na świecie. Nawet jego nie było by stać na kupno leku który przecież formalnie nie istnieje, jedynie na papierze.
Pokaż cały komentarz
Polecam 18 lipca 2015 14:54:57
5 0
Polecam film " Rak to poważny biznes " chyba na vod za darmo jest. Chcieli zamknąć w USA naszego rodaka za wynalezienie leku.
Pokaż cały komentarz
Gość 19 lipca 2015 03:31:19
1 0
"Nasz rodak" leczy tez chemia. A jego cudowny lek to neuplastony. Pan Burzynski nie jest nawet onkologiem. Poczytaj... i dowiedz sie wiecej jak falszylo sprzedaje nadzieje chorym w Houston... Ale z drugiej strony sporo ludzi sie wykaraskalo.. kto wie? Teraz leczy sie tam nasza rodaczka Karolina Dzienniak! Oby jej sie udalo...
Pokaż cały komentarz
Gość 19 lipca 2015 03:31:36
0 0
"Nasz rodak" leczy tez chemia. A jego cudowny lek to neuplastony. Pan Burzynski nie jest nawet onkologiem. Poczytaj... i dowiedz sie wiecej jak falszylo sprzedaje nadzieje chorym w Houston... Ale z drugiej strony sporo ludzi sie wykaraskalo.. kto wie? Teraz leczy sie tam nasza rodaczka Karolina Dzienniak! Oby jej sie udalo...
Pokaż cały komentarz
mortis666@wp.pl 15 maja 2015 19:45:41
81 11
wystarczyło by się zainteresować medycyna komórkowa i zważać na to co jem jaką chemią sprzątam itp a problem raka i innych chorób radykalnie ulegnie zmianie ale to nie leży w interesie koncernów farmaceutycznych sam jestem żywym przykładem wyleczenia z kilku chorób w tym 2 bardzo poważnych po zastosowaniu trapi alternatywnej LUDZIE OBUDŹCIE SIĘ !!!
Pokaż cały komentarz
oko: 30 maja 2015 09:14:53
2 1
"zważac na to jaką chemią sprzątam". Chemia to chemia, każda ma swoje skutki uboczne.
Pokaż cały komentarz
Izka 15 czerwca 2015 18:04:06
3 1
Organizm ludzki, to rowniez chemia.
Pokaż cały komentarz
nat 15 maja 2015 22:19:05
64 15
Klamstwo za nasza kase. Ludzkie DNA zapisane w ksiazkach jest w stanie wypelnic ksiazkami 140 razy wielki kanion a oni juz wiedza co I jak. Ewolucyjna sciema trwa.
Pokaż cały komentarz
Darwin 19 maja 2015 23:42:52
11 6
Kolejny nawiedzony religijny oszołom niemogący pogodzić się z tym, że ewolucja jest faktem.
Pokaż cały komentarz
Gość 20 maja 2015 07:36:36
5 2
Widzę, ze masz taka wiedzę, że powinieneś sam podjąć się tych badań, będzie znacznie szybciej.
Pokaż cały komentarz
antyNat 20 maja 2015 13:39:48
8 4
nat, matole, nie potrzeba ksiazek - istnieja nosniki cyfrowe. A komputer juz dawno temu stal sie madrzejszy od takich cymbalow jak ty.
Pokaż cały komentarz
dr hab .Wacuś Wackowski 22 maja 2015 13:34:09
6 1
~1000 książek formatu książki telefonicznej - ten Wielki kanion musi być przereklamowany troszkę... (nie widziałem). Natomiast ci przy zdrowych zmysłach używają dysków - coś koło 160GB na genom
Pokaż cały komentarz
hmm 23 maja 2015 08:29:33
3 1
Ludzki genom ma okolo 3 Giga base-pairs, czyli wystarczy 3GB jezeli na jednego bp uzywamy jednego bajta (a mozna to duzo bardziej skompresowac).
Pokaż cały komentarz
1q2q 15 maja 2015 16:22:16
85 41
Najnowsze dane -znaleźli !!! To PO+PSL+KOMORRA+MICHNIK ze swoją watahą!!!
Pokaż cały komentarz
darek 20 maja 2015 06:03:51
6 4
Kolego tutaj jest tekst o onkologii. Daj spokój ! PiS rządził i pokazał co potrafi więc nie bądź taki mądry
Pokaż cały komentarz
Gość 21 maja 2015 17:05:56
6 5
i znowu pisoska k****** pisze nie na temat
Pokaż cały komentarz
Gość 9 czerwca 2015 11:13:10
1 4
NO I PIS
Pokaż cały komentarz
Gość 18 lipca 2015 15:00:02
2 0
Ludzie, ale wy macie wyprane mózgi. On nie napisał że popiera PIS. To jest taka sama szajka. Nie potraficie zorientować się we własnym zakresie jaka partia nie ma zamiaru Was okradać... Proszę Was troszkę mobilizacji i może jeszcze uda się uratować kraj przed scenariuszem Greckim...
Pokaż cały komentarz
tomas 16 maja 2015 00:06:15
47 4
Szukać mogą ale efekty są ważne a takowych BRAK.,
Pokaż cały komentarz
qwrty 12 czerwca 2015 21:12:47
1 0
jesteś tępy?gdyby wcześniej nie szukali to nie maiłbyś nawet aspiryny
Pokaż cały komentarz
ASMODEUSZ 18 lipca 2015 10:44:08
1 0
tys k***o jest tepa aspiryne wynalezli w czasach w ktorych przysiega hipokratesa cos znaczyla dla lekarzy teraz wyciraja sobie nia d**e !!!!!!!!!!
Pokaż cały komentarz
ASMODEUSZ 18 lipca 2015 10:44:17
1 0
tys k***o jest tepa aspiryne wynalezli w czasach w ktorych przysiega hipokratesa cos znaczyla dla lekarzy teraz wyciraja sobie nia d**e !!!!!!!!!!
Pokaż cały komentarz
ada 16 maja 2015 11:13:23
39 4
A może by tak "naukowcy" zajęliby się problemem pasożytów i wiele chorób w tym rak by zniknął, ale na czym lekarze i firmy farmaceutyczne by zbijały KASĘ.
Pokaż cały komentarz
Pokaż więcej komentarzy
Nowe pieniądze z UE dla przedsiębiorców. Sprawdź, jak je otrzymać

Nowe pieniądze z UE dla przedsiębiorców. Sprawdź, jak je otrzymać

W nowej finansowej perspektywie unijnej więcej pieniędzy będzie przeznaczone na wsparcie dla przedsiębiorców w postaci instrumentów zwrotnych. Czyli nieco odmiennie niż poprzednio. Różnice tłumaczy
Unijne środki czekają na przedsiębiorców. Wnioskuj nawet na drugim końcu Polski

Unijne środki czekają na przedsiębiorców. Wnioskuj nawet na drugim końcu Polski

Webinarium testowe widok

Webinarium testowe widok

Unijne pieniądze dla firm. Bez zbędnych formalności!

Unijne pieniądze dla firm. Bez zbędnych formalności!

Już za kilka miesięcy zostaną rozpisane pierwsze konkursy na pieniądze dla przedsiębiorców, w ramach kolejnej transzy funduszy unijnych, zaplanowanych na lata 2014-2020. Tym razem pieniądze mają się

pokaż więcej